توفى الدكتور رفعت السعيد يوم 17 اغسطس 2017 عن عمر ناهز وقد اسهم في معارك التنوير لتحرير العقل من الفكر الظلامى الذي حاول اختطاف الاسلام وتوظيفه في صراعات السلطة ، وله مواقف مشهودة في منازلة قوى التطرف .. وله دراسة هامة بعنوان ( التأسلم السياسي ) ، جاء فيها:
التطرف ليس جرعة زائدة من التدين ، بل هو موقف سياسي واجتماعي مصحوب بحالة من التعبئة النفسية ، تضع صاحبها في قفص مصنوع من نص مختار بعناية يضعة في مواجهة المجتمع لأنه يفرض عليه حالة الاستعلاء بالإيمان ، وهي حالة تفترض ان صاحبها أكثر ايمانا من الآخرين ، واكثر اقترابا من الدين عن بقية الناس الذين هم أقل إيمانا منه . ويؤكد أهمية التفرقة بين الدين كمنحة إلهية للبشر ، وبين الفكر الديني كصناعة للبشر .. فالفكر الديمني انساني يمكن ان يختلف معه الانسان أو يتفق معه ، فقد كان الأئمة الأربعة يختلفون معا دون أن يعتقد أحدهم أنه الأقرب الى صحيح الدين ، ولم يكفر أحدهم الآخر ، الا ان الجماعات المتأسلمة تخلط بين فكرها وصحيح الدين ، بل وتعتقد انها وحدها التي تمتلك صحيح الدين ، ومن ثم فانها تقف في مواجهة الآخرين ، وان كل من يفارقهم يفارق الاسلام .